پس از انقلاب اسلامی در سال ۱۳۵۸ به موجب قانونی که در شورای انقلاب تصویب شد این دانشگاه، دانشگاهی دولتی اعلام شد (قبل از انقلاب اسلامی دانشگاه غیردولتی و خصوصی محسوب می‌شد) و در خرداد ۱۳۶۲ ستاد انقلاب فرهنگی وقت با تغییر نام دانشگاه از «ملی ایران» به «شهید بهشتی» موافقت کرد. در سال ۱۳۶۴ براساس مصوبهٔ دولت جمهوری اسلامی مبنی بر تأسیس وزارت بهداشت درمان و آموزش پزشکی، مراکز درمانی و دانشکده‌های پزشکی و پیراپزشکی از دانشگاه منفک و بعد از ادغام با برخی از مراکز آموزشی دیگر و با نام دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی فعالیت خود را آغاز کردند.
جایگاه دانشگاه در رتبه‌بندی‌های معتبر بین‌المللی
براساس رتبه‌بندی دانشگاه‌های دنیا و بر اساس نظام رتبه‌بندی کواکارلی سیموندز(QS)، دانشگاه شهید بهشتی توانست در دو سال متوالی ۲۰۱۷ و ۲۰۱۸ پس از دانشگاه‌های شریف، علم وصنعت، امیرکبیر و تهران، در رتبه پنجم ملی و به ترتیب در رتبه‌های ۷۰۱+ و ۱۰۰۰–۸۰۱ قرار گیرد. همچنین بر اساس نظام رتبه‌بندی تایمز (Times Higher Education) در سال ۲۰۱۶–۲۰۱۷، دانشگاه شهید بهشتی توانست در رتبه ۸۰۱+ قرار گیرد. همچنین بر اساس آخرین نتایج نظام رتبه‌بندی سال ۲۰۱۶ لایدن که در کشور هلند انجام می‌شود، ۱۴ دانشگاه ایرانی میان ۷۵۰ دانشگاه برتر جهان مورد رتبه‌بندی قرار گرفته‌است. در سال ۲۰۱۴ و ۲۰۱۵ دانشگاه شهید بهشتی به ترتیب در رتبه‌های ۶۶۸ و ۵۸۴ قرار گرفت. این میزان رشد (۸۴ پله رشد در یکسال) بالاترین میزان جهش علمی در دانشگاه‌های کشور محسوب می‌شود. در نظام کل بین ۳٪ تا ۸٪ از انتشارات دانشگاه‌های ایران در زمره ۱۰٪ انتشارات پراستناد درمقایسه با سایر انتشارات حوزه موضوعی مربوط به خود و سال انتشار یکسان قرار دارند و از این نظر به ترتیب دانشگاه‌های صنعتی امیرکبیر ۸٬۴٪ (رتبه جهانی ۵۰۴)، ملی ایران ۸٫۲٪ (رتبه جهانی ۵۲۵) و صنعتی شریف ۷٫۴٪ (رتبه جهانی ۶۰۱) در صدر دانشگاه‌های ایران قرار دارند.